統計ER

統計ソフトRの使い方を中心に、統計解析方法の解説をするブログ。ありそうでなかなか見つからないサンプルサイズ計算などニッチな方法について紹介しています。

EZR

EZRで ggplot2 を使って95%信頼区間と回帰式付き回帰直線を描く方法

EZRで回帰直線に95%信頼区間を描きたい場合どうするか? ggplot2 を使うと簡単・きれいに描ける。

EZRで散布図の中に相関係数と95%信頼区間を書く方法

EZRで散布図内に相関係数と95%信頼区間を書き入れることはできるか? がんばれば、できる。

EZRで回帰直線のグラフに95%信頼区間を付ける方法

EZRで回帰直線のグラフに95%信頼区間を付けるにはどうしたらよいか? predict()を使う。

同等性の検定のサンプルサイズ計算

積極的に同等であることを証明していく同等性の検定。 サンプルサイズ計算はどのようにすればよいか?

指数関数的に上昇するデータの共分散分析

指数関数的に上昇するデータを共分散分析したい場合どのようにすればよいか? ガンマ分布の一般化線形モデルを使えばできる。

メタアナリシスの重みはどんな計算をしているのか?

複数の研究を統合するメタアナリシス。 固定効果モデルと変量効果モデルが存在する。 統合する際の重みが異なるのが一番の違い。 どんな重み計算をしているのか?

逆確率重み付けを目的変数が連続データの場合にも使用することはできるか?

逆確率重み付けとは、傾向スコアの逆数を用いて、人数があまり多くない層を厚くする方法で、処方の有無の背景をそろえる方法である。 目的変数が連続データの場合でも利用可能だろうか? 答えはYesである。

EZRで描いたROC曲線のX軸の表示を調整する方法

EZRを使うとROC曲線はとても簡単に描けるが一つ困ったことがある。 X軸が1 - Specificity ではない点だ。 これを修正することはできないだろうか?

ログランク検定はどんな計算をしているのか?

生存時間解析に登場する群間比較検定のログランク検定。 いったいどんな計算をしているのか? 生存時間自体は使っていないことを知っているだろうか?

EZRで反復測定分散分析を線形混合モデルで行うとどうなるか?

繰り返し測定した連続データを群間比較したい場合、反復測定分散分析が用いられるが、線形混合モデルでも同じことができる。 線形混合モデルを用いたほうが、欠測値があっても、その症例の全データを削除する必要がなくなり、欠測値に強いと言われている。 …

ブートストラップ ロジスティック回帰分析をEZRで行う方法

ブートストラップとは、小さいサンプルを復元抽出で何度もサンプリングして、疑似的に何度も試行したことにして、その結果から推定値の直接的な95%の範囲を求めたりする方法。 ブートストラップを使ったロジスティック回帰分析の方法をご紹介。

EZRで共分散分析を使った2つの回帰直線の差の検定

共分散分析を使えば、2つの回帰直線の傾きや切片が異なるかどうか検討できる。 直接的な傾きの差の検定や切片の差の検定ではないが、同様な結果が簡単に得られるので、共分散分析でよいと思っている。

EZRやSPSSで反復測定分散分析はどのように行えばよいか?

経時的に何回か測定した連続量を、群間比較したい、時点の多重比較をしたい。 こういう時によく取り上げられる手法として反復測定分散分析がある。 EZR公式マニュアルのデータを使って反復測定分散分析の例を紹介する。 EZRでのやり方と、SPSSでのやり方を列…

EZRで多変量ROC曲線を比較するには?

ロジスティック回帰の回帰診断の一つにROC曲線を活用する方法がある。 ロジスティック回帰モデルを多変量で行えば多変量ROC曲線となる。 モデルごとに算出されるROC曲線を比較するにはどのようにすればよいか?

EZRやSPSSで平均値の折れ線グラフを描くにはどうすればよいか?

平均値の折れ線グラフとは、経時的な測定によって得た測定値の平均値を線で結んだグラフを指している。 EZRやSPSSでどのように描くか?

EZRでオッズ比のためのサンプルサイズ・検出力計算

EZRのメニューにはオッズ比のサンプルサイズ・検出力計算がないが計算できないか? できる。

EZRで分散の信頼区間を計算する方法

EZRで分散の信頼区間を計算するにはどうしたらよいか? メニューから計算する方法はないので、Rスクリプトを使う。 Rスクリプトの紹介。

ubuntuにEZRをインストールする方法

Linuxのもっとも人気のあるディストリビューションであるubuntuにEZRをインストールする方法を書いてみたいと思う。 2021年11月13日現在の方法である。

EZRの結果出力をExcelにきれいに貼り付ける方法

EZRの出力は固定長といってスペースできれいに整えられている。 Excelのテキストファイルウィザードを使用すればきれいに貼り付けることができる。

EZRで2群の比率の差の信頼区間で小数点以下のけたを増やす方法

EZRで2群の比率の差の信頼区間を求めると小数点以下3桁に丸められた数値が出力される。 小数点以下の桁数を増やす方法はないか? ある。

EZRで出力結果をエクセルに貼り付けたりファイルに出力したりする方法

EZRの出力をきれいにエクセルに貼り付ける方法があるか? エクセルで開けるファイルに出力する方法があるか? ある。 EZRの出力結果をきれいにエクセルに貼り付ける方法 EZRの出力結果をエクセルで開けるファイルに出力する方法 まとめ EZR公式マニュアル

EZRで比例ハザード性を確認するには?

生存時間解析でCox回帰を行う前提として比例ハザード性が確認できていないといけない。 比例ハザード性はどのように確認すればいいのか?

EZRで連続量を正規分布にする方法 Box-Cox 変換

連続量を何らかの方法で正規分布に近づける方法はいくつかある。 よく使う方法は自然対数をとる方法だ。 ここではBox-Cox変換の方法をまとめてみた。

EZRで描いたカプランマイヤー曲線の横軸を変更したい

EZRでカプランマイヤー曲線は描けたのだが、横軸(時間軸、X軸)を調整したい。 どうやれば、変更できるか?

EZRで描いたグラフを修正する方法 ― Macでは?Windowsでは?

EZRでグラフを描いたあと、一部文字を消したり、文字を加えたり、図形を加えたり、ちょっとした修正を行いたいことがある。 そういうときに、Mac版であれば、どうしたらよいか? Windows版であれば、どうすればよいか?

EZRでグループ別の散布図を描く方法

EZRでグループ別の散布図はどのようにして描くのか? 色はどのようにして変更するのか? 点の形は変更できるのか?

EZRでフィッシャーの正確検定が有意なのに95%信頼区間が1をまたいでいる場合どうしたらよいか?

オッズ比の95%信頼区間が1をまたいでいないことと、有意水準5%で統計学的有意であることがイコールであることは知っていると思う。 しかし、EZRでフィッシャーの正確検定を実施すると、有意確率が5%未満であるにもかかわらず、オッズ比の95%信頼区間が…

EZRのFisherの正確検定でオッズ比を計算するとオッズ比が違う件

EZRのFisherの正確検定の関数でオッズ比を計算すると、通常のオッズ比と異なる数値が計算される。 これはなぜなのか? どう考えたらよいか? EZRのFisherの正確検定を使わないオッズ比の計算 EZRのFisherの正確検定を使った場合のオッズ比の計算 EZRのFisher…

EZRのフィッシャー正確検定でオッズ比の信頼区間のパーセントを変えるには?

統計ソフトEZRは、無料で使えて、しかもメニューから選んで分析できる、簡単便利な統計ソフト。 フィッシャーの正確検定でオッズ比の信頼区間のパーセントを変えることはできるか?

EZRでグラフの凡例の位置を調整するには?

統計ソフトEZRは、無料で使えて、しかもメニューから選択するタイプの使いやすい統計ソフトだ。 グラフを描く機能も優れている。 たまに、グラフの凡例がグラフと重なることがある。 それを調整するにはどうしたらよいか?