IPTW ログランク検定をEZRとRを使って行う方法。
IPTWとは？
IPTW とは、Inverse Probability of Treatment Weights の頭文字語。
日本語では、逆確率重みづけと言う。
交絡因子調整方法の一つ。
詳しくは他の記事も参照のこと。
IPTW ログランク検定とは？
IPTW ログランク検定とは、IPTWで重みづけして、交絡因子調整を行ったログランク検定のこと。
ログランク検定は、生存時間解析における群間比較検定である。
必要に応じて、こちらの記事も参照のこと。
IPTW ログランク検定を行う方法
IPTW をEZRで計算する方法
IPTWは、EZRを使うと簡単に計算できる。
IPTWの計算には、ロジスティック回帰モデルを借りる。
「統計解析」→「名義変数の解析」→「ロジスティック回帰」を選択する。
目的変数に群分け変数を投入し、説明変数に考慮したい交絡因子を投入する。
逆確率重みづけ (IPTW) の変数を作成する、にチェックを入れて、OKをクリックする。
すると、新しい変数 weight.ATE.GLM.1 が作成される。
データセットの最後尾に付け足される。
これが、IPTWの重み変数である。
IPTW ログランク検定をRで実行する方法
IPTW ログランク検定は、RISCA パッケージの ipw.log.rank() 関数を使って計算する。
RISCA パッケージをインストールしてもよいが、ipw.log.rank() 関数のみ使いたい場合は、以下のリンクのRスクリプト部分をコピペして使うことも可能である。
RISCA source: R/ipw.log.rank.R
ipw.log.rank() 関数には、以下の変数を投入して計算する。
- times: 観察時間変数
- failures: イベント変数
- variable: 群別変数（２群比較のみ）
- weights: 重み
今回の場合は、以下のように投入することになる。
with(ElderlyAML, ipw.log.rank( times = Days, failures = Survival, variable = Anthracyclines, weights = weight.ATE.GLM.1 ))
欠損値があると計算されないので、事前に欠損値があるケースを削除しておく。
「アクティブデータセット」→「欠損値の操作」→「欠損値をひとつでも含む行を削除する」で、削除できる。
survfit() 関数を使用するため、事前に library(survival) を実行し、survival パッケージを呼び出しておく。
計算結果は以下の通りに出力される。
statistic が標準正規分布に従うZ値で、p.value がp値である。
有意水準５％とすると、統計学的有意に異なるという結果である。
IPTWで調整しないと以下の結果になる。
こちらであるとカイ二乗値が7.6で、p値0.00592という結果であった。
IPTW を計算する際に考慮した交絡因子の調整が必須である場合は、IPTWの結果のほうをメインにしてよいだろう。
加えて、Cox比例ハザードモデルでの確認も行うとより適切である。
まとめ
IPTW ログランク検定をEZRとRを使って行う方法を紹介した。
何らか役に立てば幸い。
参考サイト
RISCA source: R/ipw.log.rank.R
おすすめ参考書籍
EZR公式マニュアル
