統計ER

統計ソフトRの使い方を中心に、統計解析方法の解説をするブログ。ありそうでなかなか見つからないサンプルサイズ計算などニッチな方法について紹介しています。

EZRでグラフの凡例の位置を調整するには?

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統計ソフトEZRは、無料で使えて、しかもメニューから選択するタイプの使いやすい統計ソフトだ。

グラフを描く機能も優れている。

たまに、グラフの凡例がグラフと重なることがある。

それを調整するにはどうしたらよいか?

EZRでグラフを描くには?

ヒストグラムや散布図など一般的なグラフは、「グラフと表」から選択する。たいていのグラフはこのメニューから描ける。

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「グラフと表」のメニュー一覧

カプランマイヤー曲線を描きたいときは、「統計解析」→「生存期間の解析」→「Logrank検定」のメニューから描く。

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「生存期間の解析」メニュー一覧

観察期間変数、イベント変数、群別変数を選択しOKをクリックすれば以下のようなグラフが描ける。

f:id:toukeier:20210810200116p:plain
群別のカプランマイヤー曲線の例

EZRでグラフの凡例の位置を調整するには?

右上に「凡例(はんれい)」があるのだが、グラフと重なってしまっている。

この位置を調整するには、どうしたらよいか?

二つ方法が思いつく。

1.凡例の場所を変える

凡例は今右上にあるが、これを左下にもっていくことができる。

Rスクリプトの一部を変更して、再実行すると変更できる。

変更前のRスクリプトは以下の通り。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE, 
  xlab="futime", ylab="Probability")
xticks <- axTicks(1)
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)
for (i in 1:length(km$strata)){axis(1, at = xticks, labels = n.atrisk[i,], 
  line=3+i, tick = FALSE)}
for (i in 1:length(km$strata)){mtext(legend[i], at=-(xticks[2]-xticks[1])/2,
   side=1, line=4+i, cex=1)}
title(xlab = "Number at risk", line = 3.5, adj = 0)
legend ("topright", legend, col=1:32, lty=1, lwd=1,  box.lty=0, 
  title="agec")

legend()内の"topright"を"bottomleft"に変更して、再実行する。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE, 
  xlab="futime", ylab="Probability")
xticks <- axTicks(1)
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)
for (i in 1:length(km$strata)){axis(1, at = xticks, labels = n.atrisk[i,], 
  line=3+i, tick = FALSE)}
for (i in 1:length(km$strata)){mtext(legend[i], at=-(xticks[2]-xticks[1])/2,
   side=1, line=4+i, cex=1)}
title(xlab = "Number at risk", line = 3.5, adj = 0)
legend ("bottomleft", legend, col=1:32, lty=1, lwd=1,  box.lty=0, 
  title="agec")

そうすると以下のように凡例が左下に描かれる。これで重なりを回避できた。

f:id:toukeier:20210810200632p:plain
凡例を左下に移動したカプランマイヤー曲線

2.Y軸を延長する

今回の例はY軸が生存率で1.0より高いのは適切ではないとは思うが、Y軸の最大値を大きくする方法でも重なりを回避できる。

plot()の中に、ylim=c(0, 1.5)と書き入れてみる。

plot(km, bty="l", col=1:32, lty=1, lwd=1, conf.int=FALSE, mark.time=TRUE, 
  xlab="futime", ylab="Probability", ylim=c(0, 1.5))
xticks <- axTicks(1)
n.atrisk <- nrisk(km, xticks)
for (i in 1:length(km$strata)){axis(1, at = xticks, labels = n.atrisk[i,], 
  line=3+i, tick = FALSE)}
for (i in 1:length(km$strata)){mtext(legend[i], at=-(xticks[2]-xticks[1])/2,
   side=1, line=4+i, cex=1)}
title(xlab = "Number at risk", line = 3.5, adj = 0)
legend ("topright", legend, col=1:32, lty=1, lwd=1,  box.lty=0, 
  title="agec")

そうすると以下のように、Y軸方向にグラフが伸びて、凡例とグラフの線が重ならなくなった。

f:id:toukeier:20210810201048p:plain
Y軸方向に延ばして、重なりを回避した図

しかしながら、やはりこれは無理やり感が否めないので、左下へ移動することをおすすめする。

まとめ

統計ソフトEZRでグラフの凡例の位置を調整する方法、2つを紹介した。

一つは、legend()内の"topright"を"bottomleft"に変更する方法。

もう一つは、plot()内に、ylim=c()を加えて、Y軸を上に延ばす方法。

Y軸の値に上限値がある場合は、legend()で位置を変えるのが良いと思う。

Y軸の値に上限値がない場合は、ylim=c()で調整するのもよいと思う。

EZR公式マニュアル

EZR開発者執筆の公式マニュアル。きちんと使い方を学びたい方はぜひ。