IPTW 逆確率重み付け Cox 回帰を R で行う方法
IPTW Cox 回帰の前提
IPTW に関しては、こちらの記事を参照
IPTW はすでに作成済みというところから始める
IPTW は、EZR で作成するのが簡単なので、EZR を使うことをお勧めする
以下の記事が参考になる
IPTW Cox 回帰を実行する
IPTW は、weight.ATE.GLM.1 という変数名で作成されているとする
coxphw パッケージをインストールする
install.packages('coxphw')
coxphw パッケージを呼び出して、coxphw 関数を用いて IPTW Cox 回帰を計算する
caseweights に IPTW を指定する
library(coxphw) CoxphwModel.1 <- coxphw(Surv(Days, Survival)~Anthracyclines, caseweights=ElderlyAML$weight.ATE.GLM.1, data=ElderlyAML) summary(CoxphwModel.1)
結果は以下のとおりに計算される
Anthracyclines とある行が、IPTW で調整された、Anthracyclines のハザード比の計算結果である
exp(coef) とある 0.3571898 がハザード比である
95％ 信頼区間も計算されている
lower 0.95, upper 0.95 と書いてある数値である
p は、0.05 未満で、統計学的有意である
まとめ
IPTW で重み付けをして、交絡因子調整を行った Cox 回帰を実行する方法を紹介した
IPTW は作成されているとして、R の coxphw パッケージを使用すると簡単に計算できる
参考になれば
