統計ER

統計ソフトRの使い方を中心に、統計解析方法の解説をするブログ。ありそうでなかなか見つからないサンプルサイズ計算などニッチな方法について紹介しています。

EZRで散布図の中に相関係数と95%信頼区間を書く方法

kaiseki daiko banner

EZRで散布図内に相関係数と95%信頼区間を書き入れることはできるか?

がんばれば、できる。

サンプルデータ

EZR公式マニュアルのデータを借りて実施してみる。

散布図を描く

グラフと表のメニューの散布図から描きたいところだが、plot()を使って描く。

EZRメニューの散布図はscatterplot()という関数を使っているが、そのあとテキストを書き入れる方法がわからない。

plot(LogCD34perBW ~ WBC.entry, data=GCSF_CD34)

f:id:toukeier:20220414223337p:plain

相関係数を計算する

相関係数は、統計解析メニューから相関係数を選択して、計算させる。

Rスクリプト内に、以下の部分を見つける。

res というのが結果が格納されているオブジェクトになる。

このオブジェクトを活用する。

res <- cor.test(GCSF_CD34$LogCD34perBW, GCSF_CD34$WBC.entry, 
  alternative="two.sided", method="pearson")

相関係数と95%信頼区間をグラフに書き入れる

res$estimateが、相関係数

res$conf.int[1]が95%信頼区間下限値で、res$conf.int[2]が95%信頼区間上限値。

いずれもround(, 3)を使って、小数点以下3位までにまとめている。

paste()を使って、r=相関係数; 95%CI [下限値, 上限値] というように記載されるようにしている。

text(5000, 1.0, paste("r=", round(res$estimate,3), "; 95%CI [", 
  round(res$conf.int[1],3), ", ", 
  round(res$conf.int[2],3), "]", sep=""))

書き入れるとこんな感じになる。

f:id:toukeier:20220414230111p:plain

text()内の最初の2つの数値は、XとYの座標を表していて、数値を変えると図の中の好きなところに出力させることができる。

まとめ

EZRで散布図を描いた後、図の中に相関係数と95%信頼区間を書き入れる方法を紹介した。

plot()とtext()を使って描き入れる方法。

お試しあれ。

EZR公式マニュアル