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統計ソフトRの使い方を中心に、統計解析方法の解説をするブログ。ありそうでなかなか見つからないサンプルサイズ計算などニッチな方法について紹介しています。

ubuntuにEZRをインストールする方法

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Linuxのもっとも人気のあるディストリビューションであるubuntuにEZRをインストールする方法を書いてみたいと思う。

2021年11月13日現在の方法である。

f:id:toukeier:20211114212831p:plain

ubuntuにEZRをインストールする第一ステップ

今回EZRをインストールするubuntuは、Ubuntu 20.04.3 LTSである。

まず、r-project.orgの指示に従い、r-baseまでインストールする。

例えば最初の行(#の行を飛ばして2行目)は、sudo apt update --qqという感じで、端末に入力していく。

ちなみに端末はCtrl+Alt+Tで開くことができる。

#のない行を実行していく。

# update indices
apt update -qq
# install two helper packages we need
apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
# add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
# To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc 
# Fingerprint: 298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
# add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

第一ステップの最後にRのBaseをインストールする。

apt install --no-install-recommends r-base

端末上で2回尋ねられるがいずれもyesで進む。

ubuntuにEZRをインストールする第二ステップ

次に必要なR関連のソフトウェアをインストールする。

以下を端末に入力して r-cran-littler と libcurl4-openssl-devの2つをインストールする。

sudo apt install r-cran-littler libcurl4-openssl-dev

そのあとEZR本体をインストールする際に必要になるソフトウェアをインストールする。

必要なソフトウェアは以下のリストのように大量にある。

  • build-essential
  • gfortran
  • libjpeg-dev
  • liblapack-dev
  • liblapack-doc
  • liblapack3
  • libopenblas-base
  • libopenblas-dev
  • xorg-dev
  • libxml2-dev

これらをインストールするには以下のように端末に入力する。

sudo apt install build-essential gfortran libjpeg-dev liblapack-dev liblapack-doc liblapack3 libopenblas-base libopenblas-dev xorg-dev libxml2-dev

これらのソフトウェアがすべてインストールされるのをしばし待つ。

ubuntuにEZRをインストールする第三ステップ

端末に大文字でRと入力しエンターを叩くとRが起動する。

そこでEZR本体をインストールする。

以下のように入力してエンターする。

install.packages("RcmdrPlugin.EZR", dep=T)

全パッケージがインストールされるまでしばし待つ。

次にRコマンダーのパッケージをインストールする。

EZRはRコマンダープラグインでるため、Rコマンダーパッケージもインストールする必要がある。

install.packages("Rcmdr", dep=T)

こちらも全パッケージがインストーするされるまでしばし待つ。

終了してプロンプト(>)が現れれば終了である。

library(Rcmdr)

でRコマンダーを起動する。

「ツール」→「Rcmdrプラグインのロード・・・」を選択し、EZR Pluginを選択してOKをクリックするとEZR仕様でRコマンダーが再起動する。

これでEZRのインストールが完了した。

ubuntuでRを起動すると最初からEZRが起動するようにする方法

ubuntuでRを起動すると最初からEZRが起動するようにする方法は、「ツール」→「Rcmdrオプションの保存・・・」を選択して、スクリプトを少し修正する。

# Uncomment the following 4 lines (remove the #s)
#  to start the R Commander automatically when R starts:

# local({
#    old <- getOption('defaultPackages')
#    options(defaultPackages = c(old, 'Rcmdr'))
# })

この部分の最後4行の#を外してOKをクリックして.Rprofileファイルを保存する。

保存場所はユーザー名がついたフォルダ直下にする。

以下は#を削除した状態。

このようにしてからOKをクリックして保存する。

# Uncomment the following 4 lines (remove the #s)
#  to start the R Commander automatically when R starts:

local({
   old <- getOption('defaultPackages')
   options(defaultPackages = c(old, 'Rcmdr'))
})

これで、Rを起動するだけで、EZRが起動するようになる。

番外編:メニューや出力のフォントサイズを大きくしてその設定を保存する方法

メニューや出力のフォントサイズを大きくしたい場合、「オプション」→フォントタブから変更が可能だ。

その設定を保存するには、「ツール」→「Rcmdrオプションの保存・・・」を開いてOKをクリックし、ユーザー名のフォルダ直下に.Rprofileを保存する。

ぼくの場合は、メニューフォントサイズは14、出力フォントサイズは20にしている。

画面サイズは2560x1440のWQHDだ。

1920x1080のフルHDの画面の場合は、もう少し小さいほうが良いかもしれない。

###! Rcmdr Options Begin !###
options(Rcmdr=
list(plugins = "RcmdrPlugin.EZR", ask.to.exit = TRUE, ask.on.exit = TRUE, 
    quit.R.on.close = FALSE, number.messages = TRUE, retain.messages = TRUE, 
    use.markdown = TRUE, use.knitr = FALSE, log.font.family = "Ubuntu Mono", 
    default.font.family = "Ubuntu", log.font.size = 20, default.font.size = "14", 
    log.width = 80, log.height = 10, log.commands = TRUE, output.height = 20, 
    scientific.notation = 5, console.output = FALSE, default.contrasts = c("contr.Treatment", 
    "contr.poly"), grab.focus = TRUE, double.click = FALSE, sort.names = TRUE, 
    show.edit.button = TRUE, suppress.icon.images = FALSE, retain.selections = TRUE, 
    use.rgl = TRUE, log.text.color = "black", command.text.color = "darkred", 
    output.text.color = "blue4", error.text.color = "red", warning.text.color = "darkgreen", 
    title.color = "gray35", theme = "radiance")
)

# Uncomment the following 4 lines (remove the #s)
#  to start the R Commander automatically when R starts:

local({
   old <- getOption('defaultPackages')
   options(defaultPackages = c(old, 'Rcmdr'))
})

###! Rcmdr Options End !###

メニューフォントサイズと出力フォントサイズを変えただけなのに、ものすごく大量のオプションが表示されている。

気にせず保存する。

これでEZR起動時にお気に入りのフォントサイズで表示されるようになる。

まとめ

2021年11月13日現在、Ubuntu 20.04.3 LTSにEZRをインストールする方法を紹介した。

EZRをインストールするためにubuntuのソフトウェアが大量に必要なるのが注意点だ。

しかし、それさえわかれば怖いものなし。

ubuntuユーザーで、無料かつ簡単に統計解析できるEZRを使いたい人に、役立てば幸い。

EZR公式マニュアル

EZRを使いこなしたい人はぜひ。