EZRで回帰直線のグラフに95%信頼区間を付けるにはどうしたらよいか？
predict()を使う。
- EZRで線形回帰（単回帰）を実行する
- 新しい変数を作成する
- 単回帰モデルと新しい独立変数で予測信頼区間を計算する
- plot()で散布図を描きmatlines()で回帰直線と信頼区間の下限・上限を描き入れる
- まとめ
- 参考PDF
- EZR公式マニュアル
EZRで線形回帰（単回帰）を実行する
まずEZRで単回帰を実行する。
サンプルデータはEZR公式マニュアルのデータを借りる。
#####線形回帰(単回帰、重回帰)##### library(aod, pos=18) RegModel.1 <- lm(LogCD34perBW~WBC.entry, data=GCSF_CD34)
新しい変数を作成する
新しい独立変数newxを作成する。
先ほどの単回帰で使った変数 WBC.entry の最小値から最大値までを200に区切った変数を作成する。
欠損値があると変数が作成できないので、欠損値がある行は削除してから作成する。
newx <- data.frame(WBC.entry= seq(min(GCSF_CD34$WBC.entry), max(GCSF_CD34$WBC.entry), length=200))
単回帰モデルと新しい独立変数で予測信頼区間を計算する
先ほどの単回帰のモデル RegModel.1 を使って、新しい独立変数 newx に対する予測信頼区間を計算する。
特に指定しなければ、95%信頼区間が計算される。
confint <- predict(RegModel.1, newx, interval="confidence")
confintは、200行3列の行列になる。
fit, lwr, uprの3列だが、fitは推定値、lwrは信頼区間下限値、uprは信頼区間上限値である。
> str(confint) num [1:200, 1:3] 0.0412 0.0441 0.047 0.0499 0.0528 ... - attr(*, "dimnames")=List of 2 ..$ : chr [1:200] "1" "2" "3" "4" ... ..$ : chr [1:3] "fit" "lwr" "upr"
plot()で散布図を描きmatlines()で回帰直線と信頼区間の下限・上限を描き入れる
サンプルを描くには、plot()を使う。
~（チルダ）の左がY軸の値、右がX軸の値だ。
plot(LogCD34perBW ~ WBC.entry, data=GCSF_CD34)
回帰直線 fit、信頼区間下限 lwr、信頼区間上限 upr、の3本の線をいっぺんに描かせられるのがmatlines()である。
X軸はnewx, Y軸はconfintを指定する。
col=1 は色の指定で、1は黒である。
ltyは線の種類で、1が実線、2が破線になる。
matlines(newx, confint, col=1, lty=c(1,2,2))
こんなふうに描ける。
まとめ
EZRで散布図に回帰直線を描き入れて、さらに95%信頼区間を付ける方法を紹介した。
plot()で散布図を描いて、predict()で推定した回帰直線と信頼区間上限・下限をmatlines()で描かせる方法。
お試しあれ。
参考PDF
中澤先生 R演習本 91ページ目
https://minato.sip21c.org/msb/medstatbookx.pdf