Rでヒストグラムと箱ひげ図を重ねる方法 ggplot2 を使う方法

Rでヒストグラムと箱ひげ図をggplot2 を使って重ねて描く方法の紹介。

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Rでヒストグラムをggplot2 を使って描く方法
Rで箱ひげ図をggplot2 を使って描く方法
Rでヒストグラムと箱ひげ図を ggplot2 で重ねて描く方法
まとめ
参考サイト

Rでヒストグラムをggplot2 を使って描く方法

Rでヒストグラムをggplot2を使って描く方法を紹介する。

まずggplot2 パッケージをインストールして、呼び出しておく。

install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)

次にヒストグラムを描くデータを準備する。

今回は pROC パッケージの aSAH データセットを使用する。

aSAH データセットの中の age のヒストグラムを描くことにする。

pROC パッケージをインストールして、呼び出す。

install.packages("pROC")
library(pROC)

通常のヒストグラムはこんな感じになる。

hist(aSAH$age)

ggplot2で描くとこんなかっこいい感じに描ける。

ggplot(aSAH, aes(x=age)) + geom_histograpm()

Rで箱ひげ図をggplot2 を使って描く方法

Rで箱ひげ図を ggplot2 を使って描く方法を紹介する。

通常の箱ひげ図は、こんな感じになる。

boxplot(aSAH$age)

ggplot2 を使って描くとこういうふうになる。

ggplot(aSAH, aes(x=1, y=age)) + geom_boxplot()

これを横にすることができる。

ggplot(aSAH, aes(x=1, y=age)) + geom_boxplot() + coord_flip()

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Rでヒストグラムと箱ひげ図を ggplot2 で重ねて描く方法

上記のヒストグラムにHist1という名前を付けて、箱ひげ図には Box1 という名前を付けて、上下に並べて描くスクリプトを示す。

Hist1 <- ggplot(aSAH, aes(x=age))+
  geom_histogram()
Box1 <- ggplot(aSAH, aes(x=1, y=age))+
  geom_boxplot()+
  coord_flip()
grid.arrange(Hist1, Box1, ncol=1, nrow=2)

grid.arrange() というのが並べる関数で、ncol=が列のグラフ枠の数、nrow=が行のグラフ枠の数である。

すると以下のような図が描ける。

ここからもう少しきれいにしていく。

スクリプト内に注釈を入れて、どの行が何をしているのかわかるようにしておく。

x <- aSAH$age
Mean <- mean(x)
Lim <- c(min(x)-sd(x)/2, max(x)+sd(x)/2) #X軸の最小最大の設定

Hist2 <- ggplot(aSAH, aes(x=age))+
  geom_histogram(fill = "darkgray")+ #ヒストグラムを薄いグレーで塗る
  geom_vline(xintercept = Mean, color="black")+ #平均値の位置に縦の線を黒で描く
  coord_cartesian(xlim = Lim) #X軸の設定をここで反映

Box2 <- ggplot(aSAH, aes(x=1, y=age))+
  geom_boxplot()+
  coord_flip(ylim = Lim)+ #グラフを横にしているので横軸のY軸の設定
  theme(axis.text.y = element_text(color="white"))+ #横にした後の縦方向の軸の文字を白にして非表示に
  labs(x="") #縦方向の軸のラベルを非表示に

grid.arrange(Hist2, Box2, ncol=1, nrow=2, heights=c(4,1)) #heights で下の部分の高さを1/4に

実行するとこんなグラフになる。

上下を入れ替えるとこんなふうになる。

grid.arrange(Box2, Hist2, ncol=1, nrow=2, heights=c(1,4))

箱ひげ図のラベルを消すともっと見栄えがいいかもしれない。

Box2 <- ggplot(aSAH, aes(x=1, y=age))+
  geom_boxplot()+
  coord_flip(ylim = Lim)+
  theme(axis.text.y = element_text(color="white"))+
  labs(x="", y="") # y="" を追加

grid.arrange(Box2, Hist2, ncol=1, nrow=2, heights=c(1,4))

箱ひげ図に theme_minimal() を適用するとシンプルでみやすくなる。

Box2 <- ggplot(aSAH, aes(x=1, y=age))+
  geom_boxplot()+
  coord_flip(ylim = Lim)+
  theme_minimal()+ #この行を追加
  theme(axis.text.y = element_text(color="white"))+
  labs(x="", y="")

grid.arrange(Box2, Hist2, ncol=1, nrow=2, heights=c(1,4))